Naturalny jogurt ma zalety, których nie posiadają jogurtu ze sklepu. Po pierwsze jest on naturalny, a więc nie zawiera zagęszczaczy, konserwantów czy innych składników, które muszą posiadać produkty przeznaczone do stania na półce przez dłuższy czas. Jogurt, po przygotowaniu, można przechowywać w lodówce maksymalnie tydzień. Najlepszy jest oczywiście wtedy, gdy jest świeży.
Po drugie bakterie zawarte w jogurcie domowym należą do szczepów probiotycznych. Więcej na temat właściwości tego rodzaju jogurtów naturalnych czytaj w dziale: Działanie.